Verkkotunnuksen rakenne kertoo, miten sivuston URL-osoitteet on järjestetty ja yhdistetty ja miten eri sivut liittyvät toisiinsa. Siihen kuuluu yleensä päätunnus, mahdolliset aliverkkotunnukset, kansiot ja yksittäiset sivut. Esimerkiksi "www.example.com/products/shoes" kertoo, että "shoes" on osa "products"-osiota.
Hyvä verkkotunnuksen rakenne tekee sivustosta helpomman käyttää ja ymmärtää sekä käyttäjille että hakukoneille. Ihmiset löytävät etsimänsä nopeasti, ja hakukoneet indeksoivat ja sijoittavat sisältösi paremmin, mikä parantaa sivustosi näkyvyyttä.